本发明公开了一种电动撑杆驱动的自动开闭侧开门结构，包括电动撑杆系统，所述电动撑杆系统通过球铰分别于车门内板、门槛内板、门槛外板以及门槛加强件进行连接，所述车门内板的电动撑杆位置处设置有凹槽。本发明只需在车门系统的车内板和门槛内板、门槛加强件及门槛外板上设置安装电动撑杆系统动作的位置和空间，减少了电动限位器结构的电动侧开门的布置空间要求，具有结构简单、安装方便、系统维护性好等特点，并且大幅降低了使用成本。