本发明涉及一种工业污水处理过程中膜污染的在线判别系统及判别方法。本发明传感器模块、数据采集模块用于获得和采集给水泵出水口电导率和产水电导率；A/D转换模块用于信号转换；中央处理模块用于调用智能分析模块、存储数据；智能分析模块根据中央处理模块存储的数据，计算、比较，判断膜污染物类型和污染状况；人机交互模块用于输入参数，并将参数传给中央处理模块存储；报警模块用于报警，显示模块用于显示异常数据和污染种类及污染状况。本发明在稳态环境下，通过分析系统历史脱盐率的变化情况，快速判断膜污染物是有机污染物还是无机污染物以及其污染状况，操作简单，避免了非在线膜污染判断带来的系统停运问题，降低膜的损耗和运营成本。