本发明公开了一种蓄热式风洞电预热加热器系统及控制方法，其中加热器系统包括：加热器，加热器沿轴向分为多个加热段，每个加热段具有多个加热元件；多个调功器，每个调功器连接于一个加热元件，用于调节加热元件的输出功率；温度检测控制单元，温度检测控制单元用于实时检测各加热段的温度；双向通信的上位机和控制器，控制器连接于调功器和温度检测控制单元；上位机用于根据加热工艺流程下发对应的加热控制指令；控制器用于：采集温度检测控制单元检测到的各加热段的温度，并将温度反馈给上位机；根据上位机下发的加热控制指令控制调功器，以控制不同加热段的温度；将调功器的工作状态反馈给上位机。