本发明涉及一种水电站调速器水头计算校验系统和方法，该系统包括采集器、处理器和检测模块；采集器采集调速器空载开度与水头值；处理器建立调速器空载开度与水头值对应关系的空载模型，根据空载模型，通过插值法进行反算，将反算的水头与当前运行水头进行比较，当两者偏差值大于偏差设定值则报警；检测模块对运行水头采集回路进行检查，若无异常情况，则处理器判断为运行水头与反算水头实际偏差过大，则对空载模型参数进行修正。本发明能有效反应当前的运行水头，避免外界因素、传感器采样精度及传感器故障等影响，通过计算的水头对实时运行水头进行修正、报警。