本发明公开了一种基于大米蛋白酶解物的复合纳米粒子及其制备方法和应用，该复合纳米粒子包括载体和负载在载体上的黄酮类化合物，所述载体为大米蛋白酶解物，该复合纳米粒子的粒径为40‑200nm；其制备方法包括：将黄酮类化合物的醇类溶液滴加到均匀透明的大米蛋白酶解物的水溶液中，调节混合溶液的pH为碱性，在30‑50℃下搅拌均匀，旋蒸去除醇类溶剂后即得。本发明通过酶解处理有效改善了大米蛋白的结构和功能特性及溶解性，使其拥有较强的反应活性，更易与生物小分子或者天然高分子进行非共价结合，通过反溶剂法将大米蛋白酶解物包埋黄酮类化合物，解决了黄酮类化合物溶解度低和生物利用率低的缺点。