本发明公开了一种基于温度控制的海肠诱捕系统，其包括巡检模块，所述巡检模块包括机壳和诱捕管体，诱捕管体固定安装在机壳底面并且一端伸入机壳内部，机壳上设置有脐带电缆；以及，控制模块，所述控制模块包括上位机，上位机安装在船体上并通过中性浮力缆连接脐带电缆；本发明通过降低了对于海肠和苗种的伤害，并且去除了人工过滤的人工费，降低了经济成本，大大提高了经济收益，此外温控管诱捕还可以在各种海肠存活的水下深度环境下实施进行，解决了人工无法进行海水深度作业的问题；效率较高，采用将海肠诱捕的方式，避免了对于海肠及其苗种的损伤和海床、养殖场沙床基质的破坏及海参养殖的影响。