本发明提供一种用于水利工程的水下清污系统及方法。所述水下清污系统包括防逃逸的淤泥收集装置、淤泥破碎装置、吸泥装置和污泥输送装置；所述防逃逸的淤泥收集装置包括一侧开设有进泥口的收集仓、置于收集仓进泥口的旋切机构和置于旋切机构上方的刮泥板，所述淤泥破碎装置包括两根平行设置在收集仓内的挤压螺杆；所述吸泥装置包括吸泥管和吸泥泵，所述污泥输送装置包括输送软管和一个或两个或两个以上的污泥输送机构，两个或两个以上的污泥输送机构之间通过输送软管连接，最末端污泥输送机构通过输送软管与外界污泥处理设备连通。本发明防止了淤泥扩散到下游，避免了淤泥在输送过程中出现堆积，提高了淤泥清除效率，保证清淤效果。