本申请公开一种分离并测定腐殖酸含碳官能团的装置及其使用方法与应用，包括腐殖酸原液储存罐、亲疏水性分级塔和超滤膜塔，所述超滤膜塔顶部设有进气口，超滤膜塔内从上到下依次设有一组超滤膜，所述超滤膜塔上从上到下依次设有一组阀门；所述腐殖酸原液储存罐设有两个液体出口，两个液体出口分别通过蠕动泵与亲疏水性分级塔和超滤膜塔相连，所述亲疏水性分级塔内从上到下依次设有棉花层a、DAX‑8树脂层、棉花层b、砂芯层a、隔板、棉花层c、XAD‑4树脂层、棉花层d和砂芯层b；能运用简单的实验装置将腐殖酸分为不同分子量和亲疏水性的部分，通过测总有机碳值来计算不同组分的百分含量。