一种几何未知微尺度矩形槽内气溶胶穿透效率确定方法，根据矩形槽的进出口压力平方差和泄漏流量的对应关系，利用线性回归方法获得矩形槽的流动特征尺寸，即微尺度矩形槽的流动特征高度，并基于斜率偏差的判断方法获得微尺度矩形槽的转捩雷诺数值；然后根据气溶胶穿透的粒子参数和载气流动状态，进行重力沉降、布朗扩散和湍流沉积的占优分析，估算获得微尺度矩形槽内气溶胶总穿透效率。本发明适用于估算几何尺寸未知的微通道内气溶胶穿透份额，根据几何尺寸未知矩形槽的流动特性，先获得通道流动特征尺寸和临界雷诺数，为气溶胶的沉积机制占优分析提供依据，最后获得气溶胶的总穿透效率。