本发明公开了基于影像与基因特征融合的肺癌亚型诊断系统，数据获取模块，获取同一患者的待诊断影像数据和待诊断基因数据；影像特征提取模块，从待诊断影像数据中，提取不同分辨率下的待诊断影像特征；基因特征提取模块，从待诊断基因数据中，提取待诊断基因特征；特征融合与亚型诊断模块，将待诊断基因特征与每个分辨率下的待诊断影像特征进行特征融合，得到每个分辨率下的待诊断融合特征；对每个分辨率下的待诊断融合特征进行诊断，得到每个分辨率下的诊断结果；将所有分辨率下的诊断结果进行融合，得到当前患者的肺癌亚型诊断结果。通过捕捉患者融合的特征中最有关联性的特征，有效降低特征融合带来的冗余性问题从而实现癌症亚型的精准诊断。