本发明提供了一种生物肥料消毒设备，涉及生物肥料加工技术领域，包括：主体；所述主体前侧固定连接连接件，主体的前侧、连接件的下方固定安装有搅拌仓，主体底部固定连接出料管，所述联动杆的前端固定连接搅拌仓的内部转轮；所述搅拌仓内部转轮与外部电路开关电性相连，当肥料从消毒板的下方掉落至托块的顶部后，由于托块的斜面使得废料全部滑落至托块的中部平坦区域，方便后序推料，利用连接管使得废料可以滑落至搅拌仓内部并增加降温时间，保证肥料冷却，解决了不能在高温消毒后对基础有机质进行降温处理，再将微生物加入基础的有机质中，避免高温对微生物造成破坏的问题。