本发明提供了一种航行体跨域航迹修正方法及存储介质，在水面设有多个共线的水面导引点，在水下设有与水面导引点一一对应的水下导引点，首先基于水面导引点和水面实际轨迹点，利用水面航迹修正算法对航行体水面航迹进行修正；待航行体下潜后，再基于水下导引点和水下实际轨迹点，利用下潜航迹修正算法对航行体下潜航迹进行修正。该方法将航行体在三维空间中航迹精确保持的难题分解为水面、水下单个二维平面内的航迹精确保持问题，并分段解决，使航行体在跨域航行使可完成高精度初始对准，有效辅助水中航行体跨域试验指挥，使水中航行体跨域航行时精确保持航迹，对航行体高精度短距离跨域航行、试验精准就位指控等均有较高使用价值及较强可操作性。