本发明公开了一种自动化聚合物毛细管加工装置及其控制方法，装置包括：毛细管收放模块，所述毛细管收放模块用于收放毛细管，所述毛细管收放模块包括两个毛细管收放装置；加热模块，所述加热模块用于对所述毛细管进行加热处理，所述加热模块设于所述两个毛细管收放装置之间；控制器，所述控制器连接所述毛细管收放模块和所述加热模块，所述控制器用于控制所述毛细管收放模块的收放处理和所述加热模块的加热处理。通过控制器控制毛细管收放模块的收放处理和加热模块的加热处理，满足聚合物加工所需的必要条件，实现聚合物毛细管的自动化批量生产，并精确控制毛细管的颈缩梯度、拉伸长度、最小直径等关键技术规格，可广泛应用于毛细管加工技术领域。