本发明涉及悬臂式微小推力测量系统及其电磁标准力标定方法，以解决现有测量系统对外界干扰敏感，很难准确测量微小推力，现有标定方法线性差、误差大的技术问题。该系统包括真空室、固定支架和由测量靶、电磁阻尼器及位移传感器构成的测量单元；电磁阻尼器包括缠绕电磁线圈的金属骨架和设置有两对永磁铁的阻尼器支架，且电磁线圈有间隙的设置于两对永磁铁之间。该方法包括：将电磁阻尼器设置在天平上，通入不同强度的电流，测量产生的电磁标准力，得电流强度与电磁标准力的关系；将电磁阻尼器设置在测量靶上，通入不同强度电流，测得测量靶位移值，得电流强度与测量靶位移值的关系；换算得电磁标准力与测量靶位移值的对应关系。