本发明公开了一种内电双源动车组及其内燃机保温控制方法、系统，当内电双源动车组为电力模式时，判断柴油机高温水水温是否低于设定的第一阈值，若是，则柴油机因保温需求开启保温；当柴油机高温水温度达到设定第三阈值时，控制柴油机自动停机；当柴油机水温高于所述第一阈值，但低于设定第二阈值时，通过电力车DC600V启动柴油机加热功能；并可手动按下电力车“柴油机启动”按钮，立即触发柴油机起机保温。当柴油机高温水温度高于所述第三阈值时，切除柴油机保温功能。本发明实现了内燃、电力车组间内燃机预热控制，本发明的方法使柴油机容易启动，极大地提高了柴油机的工作效率，提高了能源利用率，同时降低柴油机的磨损，延长柴油机的使用寿命。