本发明提供晶圆键合方法以及晶圆键合设备，在第一固定装置和第二固定装置中均设置通孔，第一晶圆和第二晶圆各自远离键合面一侧均设置对准标记；分别关联第一晶圆厚度方向的两侧的对准标记和第二晶圆两侧的对准标记；上、下读取器通过对应的通孔分别读取第二晶圆和第一晶圆各自远离键合面一侧的对准标记，结合关联的对准标记，处理器可精确计算第一晶圆和第二晶圆各自键合面一侧对准标记的相对位置偏差，据此可实时调整所述第一固定装置以使所述第一晶圆与所述第二晶圆对准，可根据对准情况进行实时校正。能够精确测得第一晶圆和第二晶圆实际偏差(该实际偏差包含移动时的机械运动误差)，并补偿偏差，提高了对准精度，从而提升晶圆键合质量。