本发明提供了一种基于货运平台模块化对账方法及系统，该方法包括：首先行业务平台与支付平台之间的资金流关联对账，然后支付平台与银行之间的资金流关联对账，最后根据两边的对账结果，进行业务平台、支付平台、银行三者之间的综合对账。该系统主要包括运单号资金流进出项模块、支付单号资金流进出项模块和账户间资金流进出项模块，三个模块采用单独的服务部署，相互隔离，确保对账流程相对独立，对账完成后的数据独立保存在对账系统，便于后期对数据进行各维度的统计，将一笔业务单号的资金流对账的各个环节都统一在一个对账系统平台实现，既不影响业务的正常运转，又能自动检查资金流的每笔进出，同时能协助财务对账，生成相应资金流报表。