本发明涉及一种基于原子磁强计的电刺激诱发神经磁信号的采集分析装置及方法，其系统包括：控制分析平台、采集模块、诱发模块和采集分析软件；采集模块用于采集在不同状态下的动物体的躯体和/或脑部的磁场信号；诱发模块的电极输出端设置于处于磁屏蔽空间内的动物体上，用于依据控制分析平台输出的电流脉冲形式和刺激参数，通过电极输出端输出对应的刺激范式，给予动物体电刺激，并将实际电流脉冲及刺激时钟信号反馈至控制分析平台；控制分析平台控制采集模块和诱发模块协同工作，并数据的同步采集和分析处理。本发明可在身体处于坐姿、站立、运动等条件下同步或单独测量躯体部位和大脑磁场，其灵敏度高，稳定性、可扩展性及实用性强。