本发明涉及一种疫苗质控方法、疫苗质控试剂及其应用。疫苗质控方法包括：将待测疫苗进行检测和确定检测结果，其中，检测包含抗体效价检测、血液中病原菌清除半衰期检测、肝脏中病原菌的捕获率、肝窦细胞中对病原菌捕获数量的检测和动物存活率，当上述各个检测方式的初步检测结果均为待测疫苗质量达标，是待测疫苗最终质量达标的指示。本发明的质控方法，可于宿主机体‑器官‑细胞层面上追踪和量化疫苗的免疫保护效果，其可实时定量、快速精准、全面地对疫苗的保护水平进行评价，具有准确性高的优点。