本发明提出了脂肪肝标志微生物及其应用，该脂肪肝标志微生物包括第一微生物集，因此，进一步提出了一种试剂盒，包括适于检测第一微生物集中的至少一种菌种的试剂，所述第一微生物集由以下菌种组成：胺胨罗斯氏菌、极小阿托波菌、卵形拟杆菌、拟杆菌属细菌、内脏臭气杆菌、芬氏别样杆菌、昂氏别样杆菌、腐烂别样杆菌、沙氏别样杆菌、别样杆菌属细菌、孪生球菌属细菌、非寻常球状菌、殊异韦荣菌和华德萨特氏菌。本发明提出的微生物在健康人群和脂肪肝患者中的丰度具有显著差异，可以作为有效检测和/或治疗脂肪肝的标志物。