本申请公开了一种批量晶圆的处理方法、蚀刻系统及存储介质，属于半导体加工技术领域。所述方法包括：在批量晶圆的处理之前，使用无晶圆清洗基线对反应室的腔室进行无晶圆清洗，在清洗后对批量晶圆中的第一个产品晶圆进行蚀刻并检测工艺性能是否符合工艺规范；若不符合，对无晶圆清洗基线的清洗强度进行调整，使用调整后的无晶圆清洗基线对腔室进行无晶圆清洗后，对第二个产品晶圆进行蚀刻并检测工艺性能是否符合工艺规范；若符合，根据调整后的无晶圆清洗基线对批量晶圆依次进行蚀刻。如此，可以预先优化无晶圆清洗强度，使得优化后的无晶圆清洗能够平衡腔室的聚合物沉积，批量晶圆处理过程中聚合物状态保持稳定，减小对蚀刻速率影响。