本发明涉及一种高含水农业废弃物的处理方法及应用，所述方法包括如下处理步骤：将所述高含水农业废弃物与干燥农业废弃物、泥土混合均匀，形成混合物；将所述混合物粉碎成颗粒状的粉碎混合物；将所述粉碎混合物压缩至颗粒间形成水分充分交换；将压缩的粉碎混合物分散；将分散的粉碎混合物起堆，进行有氧发酵至发酵充分。具体应用涉及提供一种植物有机肥、栽培/育苗基质并提供一种适用于循环农业的西兰花‑水稻轮作方法。本发明通过粉碎、压缩等物理处理，对西兰花‑水稻轮作生产中产生的农业废弃物无害化处理和再利用，处理过程中不引入新的对环境可能构成影响的物质，成本低效率高，实现了低排放的循环农业生产模式。