本发明提供了恶劣交通运输环境的预警方法、系统及存储介质，该方法包括：确定本次交通运输的路线以及运输时间；获取在运输时间下路线途径区域的气象信息；获取本次交通运输的路线中设置有落石提醒标志的路段；将获取的气象信息和有落石提醒标志的路段信息输入至恶劣交通环境预警模型中，对本次交通运输的恶劣交通环境进行预警；恶劣交通环境预警模型包括：落石和气象数据以及地形数据的映射关系。本发明通过将气象数据和带有落石提醒标志的路段输入恶劣交通运输环境预警模型，得到恶劣交通运输环境预警结果并进行处理，综合考虑了气象和地形，能够准确对气象原因导致山体落石这一恶劣交通运输环境进行预警，保证了交通运输的顺畅和安全。