本发明提供一种基于显微图像的类器官活力评价方法及系统。该方法包括：获取一系列类器官的显微图像；对其中的类器官进行人工类型判断，然后进行类器官框选并进行活力逐一评分，将评分结果作为类器官活力评价模型的训练集，并采用该训练集训练所述类器官活力评价模型；利用训练好的类器官活力评价模型对一幅显微图像进行自动活力评分，输出其中每个类器官的分值并汇总加权。该系统包括：显微图像获取装置；类器官活力评价装置，与所述显微图像获取装置连接，所述类器官活力评价装置包括类器官目标检测模块、类器官特征提取器和评分模块；通讯装置。本发明可以大大节约人力物力与时间成本，不受主观评分影响，得到长久统一的、精确的、稳定的评分。