本发明提供了一种浮标式区域多船船用燃料油含硫量监测装置及方法，该装置包括：船舶废气排放浓度分析机构，用于监测区域内过往船舶排放的SO₂和CO₂的气体浓度；气象信息收集机构；船舶自动识别跟踪机构，用于收集被监测船舶的静态信息和动态信息；浮标式搭载机构，用于搭载上述检测设备。该装置和方法操作简单，仅能利用单个浮标式船舶排放监测站点，对船舶排放的SO₂和CO₂的浓度进行实时在线监测，再利用区域多船大气污染物排放监测浓度分离方法，估算区域内每条船舶的SO₂和CO₂的监测浓度，实现区域内任意船舶船用燃料油含硫量的在线估算和实时监测，为海事监管部门智能化识别区域高硫油船舶提供了一种简单、快速、高效的装置及方法。