本发明公开了一种海水自动取样无人机及其工作方法，涉及无人机技术领域，包括机体，还包括：设置于机体外壁上的四个固定杆，四个固定杆远离机体的一端均固定安装有驱动扇叶，机体的顶部开设有进出口。本发明中，采用无人机进行取样，无需取样人员乘坐取样船前往，能够节省人力、节省时间及降低取样成本，在取样时，可以将取样装置放至不同的取样深度，进行取样，对于同一深度，能够采集多组海水，能够保障取样后海水的分析准确性，提高取样效率，在进行取样时，通过浮体使得无人机在海面浮起，可以停止驱动扇叶运行，节省电力，取样后，能够通过转动手轮，取下取样器，在拧开上管体和下管体，便可以将海水取出，方便使用。