本发明公开了一种用于氢氧燃料电池的尾气处理系统，包括气体缓冲模块、氢气处理模块、余氧处理模块、温度控制模块、安全预警模块以及PLC控制模块。其中，氢气处理采用特殊的微通道反应器通过无火燃烧的方式处理，反应剩余氧气则通过相关化学试剂反应处理。本发明使用气体质量流量计实现对反应气体流量的控制，通过温度控制模块实现对微通道反应器反应温度的控制，本发明在尾气处理的过程中能够实现工作温度、废气浓度、废气压力实时在线监测以及调控废气的流量、压力，微通道反应器的温度、温度控制模块的温度等功能。本发明针对突发情况及故障时能够自动预警，设有氮气一键吹扫以及紧急停机功能，能够有效避免应氢气泄露而造成的不必要事故。