本发明涉及核酸提取装置领域，特别是涉及一种核酸提取装置用流向控制系统，所述核酸提取装置用流向控制系统包括反应仓主体、回收仓主体和废液池主体，所述反应仓主体通过第二流道主体与回收仓主体连通，所述反应仓主体通过第一流道主体与废液池主体连通，所述回收仓主体上设有第一气压调节预留部，所述废液池主体上设有第二气压调节预留部。本发明的核酸提取装置用流向控制系统保证废液在反应仓内没有残留，全部流入废液池；可以最大程度上避免试剂的回流，还可以在所述回收仓和废液池共用一个反应仓的出口时，避免废液池的废液进入回收仓。本发明的核酸提取装置用流向控制系统还可应用于核酸提取装置中。