本发明公开了一种中药网络药理深度分析方法与系统，该方法包括以下步骤：获取疾病和中药相关靶点的数据；分别构建疾病和中药成分PPI网络，进行交集运算得到中药干预疾病的网络，对网络进行拓扑特征分析，得到核心靶点；对核心靶点进行生物学功能注释和KEGG通路分析；对网络核心节点的度（degree）值采用归一化法处理，根据核心靶点通路富集影响的各环节，开发计算通路t的重要性值tsig方法，根据通路t的重要性值tsig排序，对重要通路上靶点的上下游及影响效应重新构建网络，最后选取富集到通路上影响与疾病相关效应的靶点作为中药干预疾病作用靶点。本发明方法富集的通路更准确、集中，可操作性强，为中药作用机制的阐释提供更加科学客观、快捷的分析方法及系统。