本实用新型公开了一种微生物检测采样箱，包括箱体，所述箱体顶部前侧外壁依次设有升温放置孔，所述箱体顶部后侧外壁依次设有低温放置孔，所述升温放置孔和低温放置孔底部通过箱体内壁固定连接有放纳孔腔，所述放纳孔腔内壁螺纹连接有样品管，所述样品管的顶部螺纹连接有转动头，所述箱体内壁中端固定连接隔断板，所述箱体内壁由隔断板前端通过放纳孔腔右侧依次设有辅热条，所述箱体内壁由隔断板后端通过放纳孔腔左侧依次设有低温铜管，涉及微生物检测采样箱设备技术领域，该种微生物检测采样箱，通过隔断分类独立放置满足多种样品放置需求，提升了升温和低温存储时的温度运行均匀效果，缓解了采样工具和样品容易互相污染影响的问题。