本实用新型提供一种窗口隔离装置，包括多个并列的翻转单元，翻转单元包括：挡板，包括第一挡板和第二挡板，挡板的长度大于窗口平台到窗口上沿的距离，第一挡板位于窗口外部，第二挡板位于窗口内部；转轴，位于窗口下方，第一挡板和第二挡板通过转轴相连；交换部，位于第一挡板和第二挡板之间；固定装置，用于将第一挡板固定于窗口上方；翻转单元沿转轴方向转动，当转动到第一挡板关闭窗口时，交换部向窗口内部敞开；当转动到第二挡板关闭窗口时，交换部向窗口外部敞开。该窗口隔离装置使窗口内部和外部形成隔离，通过窗口隔离装置的转动来传递物品，利用两个挡板关闭窗口，以此保护工作人员不被传染。