一种牛群分群管理系统，包括有两个独立的牛舍，其中一个为普通牛舍、用于普通牛休息，另一个为种牛牛舍、用于种牛的休息；牛舍还包括有前厅，前厅包括有牛舍入口，在牛舍入口处设置有用于读取FIRD电子标签的读卡器，与读卡器连接有控制器，通过控制器识别由读卡器读取的FIRD电子标签内记录的种类区分信息，前厅包括有两个出口，与两个出口分别连接有通道，电子闸门与控制器控制连接，控制器根据其识别的种类区分信息对电子闸门的开启或者关闭进行控制，以实现普通牛与种牛进入牛舍的分流。该牛群分群管理系统在牛入牛舍时，能够对普通牛以及种牛进行区分，从而将不同的牛分流至不同的牛舍中，这样能够针对性地对种牛牛群进行加强管理。