本实用新型属于物质分离检测领域，涉及一种毛细管电泳装置和毛细管电泳质谱联用仪。所述毛细管电泳装置包括高压电源、缓冲溶液瓶、铂电极、毛细分离管Ⅰ、毛细分离管Ⅱ、四通阀、镀银喷针和输液泵，输液泵携带有样品瓶和洗剂瓶，铂电极的一端连接高压电源的正极而另一端插入缓冲溶液瓶中，四通阀的一个纳升级样品腔分别连接毛细分离管Ⅰ和毛细分离管Ⅱ，另一个纳升级样品腔分别连接输液泵和废液出口，所述毛细分离管Ⅰ的入口端插入缓冲溶液瓶中，毛细分离管Ⅱ的出口端通过微米级二通接口与镀银喷针相连，镀银喷针的表面通过线路与高压电源接地连接。本实用新型提供的毛细管电泳装置结构简单、操作简便且能提供精确进样。