本实用新型涉及冷凝水处理技术领域，具体涉及一种微量冷凝水处理系统，包括箱体和安装在箱体底部的支架，所述箱体包括内腔、保温层、加湿口以及排水口，所述保温层包裹在内腔外壁，所述加湿口设于箱体并贯通所述内腔，所述排水口设置于内腔底部；所述支架上设有水盘、压缩机、热交换器风扇、电磁阀以及与所述电磁阀电性连接的电磁阀控制器，所述电磁阀的一端通过排水管与所述排水口连接，另一端通过水管连接所述水盘，所述压缩机与热交换器风扇设于水盘上方，本实用新型使整个培养箱培养过程中没有水在箱体内腔底部堆积，也没有水滴到地上，整个培养过程中产生的冷凝水通过本系统全部挥发掉了，从而不会对培养样品造成污染等影响。