本申请涉及一种具有自动灭火系统的燃气发电机组集装箱机房，属于燃气发电机组技术领域，包括：箱式机房，所述箱式机房通过防火隔板将所述箱式机房分隔成发电机组室、进气通风室、排气通风室、消防控制室和二氧化碳储气室；消防执行系统包括二氧化碳储罐、集流管和喷嘴，集流管与二氧化碳储罐连接，集流管与二氧化碳储罐连接处设有电磁阀门，喷嘴设置在集流管上；消防控制系统包括控制器、温度传感器、可燃气体探测器和火灾探测器，温度传感器、可燃气体探测器和火灾探测器均与控制器电连接，所述控制器与电磁阀门电连接。本申请无需操作人员亲自操作，避免了操作人员的安全隐患，使燃气发电机组更加安全可靠的运行，又能减少操作人员的工作量。