本实用新型提供一种具有空钉仓保护功能的外科缝合器，包括端部执行器和驱动组件，端部执行器包括钉仓壳体、缝合钉、推钉块和砧座，钉仓壳体上表面设有供缝合钉推出的出钉孔，推钉块用于推动缝合钉向上运动；驱动组件包括驱动推杆和空钉仓保护件，驱动推杆用于驱动推钉块向上推动缝合钉；在缝合钉被推动之前，空钉仓保护件的锁止端偏压地抵接于推钉块的一侧，当驱动推杆驱动推钉块向上推动缝合钉并在驱动推杆复位后，锁止端通过偏压力作用插入驱动推杆和推钉块之间的缝隙中。本实用新型采用简单而有效的空钉仓保护件结构，容易安装于外科缝合器中实现空钉仓保护的功能，且有效节省了空间，适合在小尺寸的缝合器中使用。