本实用新型公开了一种打标机构及装盒机打标系统，涉及医药装盒领域。该打标机构包括安装座、压轮、打标字头及偏心轴，压轮转动安装于安装座上，压轮的外周面安装有打标字头，打标字头下方有偏心轴，偏心轴安装于安装座上，偏心轴与打标字头之间形成待打标工件通过的空间，通过打标字头与偏心轴之间的挤压使得待打标工件的表面被压出凹痕，形成标记。在自动打标机高速连续的工作中，打标字头被持续磨损。磨损量较大时，压痕会模糊不清，只能更换新的字头继续工作，既增加成本又浪费时间。通过转动偏心轴调节打标字头与偏心轴之间的距离，当距离减小时，标字头在待打标工件表面压出的凹痕深度增大，标记清晰。