本实用新型公开的一种用于纳米材料转移的复合荧光显微系统包括光学显微成像装置、数控水平移动平台、减震平台、目标基片控制装置、Z轴数控升降装置、转移基片控制装置及控制装置。本实用新型优化设计了光学显微镜成像装置的结构，集合了光学显微成像技术及自动化技术，从而解决纳米材料研究领域的二维材料转移精度低的问题；本实用新型提供的用于纳米材料转移的复合荧光显微系统不仅能够提高二维材料的转移精度，实现二维材料的自动化转移，有利于简化二维材料的转移操作，还有助于打破二维材料制备时基底材料的选择的局限性。