本实用新型公开了一种肝素钠废液处理设备，属于肝素钠领域，包括一号处理箱、二号处理箱和底座，所述一号处理箱和二号处理箱分别固定安装在底座的顶部，且一号处理箱顶部的一侧通过铰链活动连接有活动盖，所述活动盖的顶部通过螺栓与一号处理箱顶部的另一侧固定连接，一号处理箱顶部的一侧固定套接有进废管，进废管的外部固定安装有进废阀，一号处理箱的内部固定连接有过滤网；该肝素钠废液处理设备，通过设置过滤网、抽液管、抽液泵、进液管、一号出污漏斗、一号出污阀和一号接料盒，可以在肝素钠生产制备的过程中，便于对废液中的大体积杂质和油脂进行过滤分离，从而提高了废液的处理效果。