本实用新型公开了一种生物工程水体活水机，属于生物工程技术领域，包括底座，底座的顶部中间位置处固定有下导流管，下导流管的内部安装有上导流管，上导流管的顶部固定有安装箱，安装箱的内部中间位置处安装有第一电机；通过设置有第二电机、丝杆、螺纹套、滑杆、滑套和挡泥板，当水体活水机不需要使用时，使用者启动第二电机，第二电机工作带动丝杆转动，丝杆转动以使螺纹套向上移动，螺纹套向上移动以使滑套在滑杆上移动，同时挡泥板也向上移动，且挡泥板的顶部会与排水管的底端相接触，从而对排水管进行封闭，防止淤泥与杂质经排水管进入至排水孔内，并避免了排水孔堵塞，从而使得后续的水体活水机能够正常工作。