本实用新型公开了一种药用搅拌器的清洗装置，包括底部设有底座的桶体，所述桶体顶部敞口设置，且桶体的顶部活动卡接有环形盖板，所述环形盖板的上表面中部活动卡接有环形皮塞，所述桶体的侧面下端设有支撑件，所述支撑件上转动设置有套管，所述桶体的侧面设有四个均匀分布的条形孔，套管的侧面设有四个与条形孔对应设置的竖管，竖管与桶体内部连通，且竖管的内部设有紫外灯。该药用搅拌器的清洗装置，可以对搅拌器进行冲洗、干燥和杀菌消毒，并且可以对搅拌器进行无菌保存，避免搅拌器长时间暴露在空气中受到污染，使搅拌器可以随时取用，可以避免搅拌器对药剂造成污染，操作简单，使用方便。