本实用新型公开了一种打点标记线序检测仪，涉及线序检测领域，包括底座，所述底座顶部的一侧设置有系统柜，且底座顶部与系统柜相对应的位置设置有检测台，所述系统柜的一端设置有与检测台相配合的打点装置，且检测台设置有线束。本实用新型通过系统柜的一侧设置有打点装置，系统柜自动检测线束的颜色并判断线束接线孔位是否插错或错位，当线束无插错或错位时，系统柜控制打点装置工作，笔型气缸通过色笔固定架带动色笔伸向线束进行标记，当线束出现差错或错位时，打点装置不工作，从而通过色笔对线束进行颜色标记，使得用户可通过标记可分辨检测合格的产品，即使产品混淆也可以区分开检测过的产品，且标记过程不需要人工，较为方便。