本申请公开了一种多通道移液装置的控制系统，包括：液面探测模块，微处理器模块，FPGA模块，电机调速模块，和电机驱动模块；所述微处理器模块分别连FPGA模块和液面探测模块；所述FPGA模块连接电机驱动模块，所述电机驱动模块与电机连接；所述电机调速模块分别连接微处理器模块和电机驱动模块。本申请的多通道移液装置的控制系统，FPGA模块为逻辑门控制方式，FPGA内部可通过软件代码可实现多个控制模块；本申请使用FPGA逻辑门控制，只需要内部进行控制模块复制即可对多电机同步控制，无需增加额外的电路设计，简化电路的同时增强了系统的稳定性。