本实用新型涉及微生物肥料生产技术领域，具体来说是带有取样灭菌装置的微生物肥发酵系统，包括发酵罐和悬液分离器；发酵罐由第一横板和第二横板从上至下分隔为发酵区、采样区和微生物收集区，第一横板位于第二横板的上方，且第一横板和第二横板上均设有物料通道；第二横板上的物料通道处嵌设有第一滤网，且设有向微生物收集区下料的下料斗；发酵区与采样区通过采样管连通；悬液分离器通过流通管与发酵罐的微生物收集区连通。本实用新型不仅能够得到发酵区内的样品，而且能够得到微生物样品，从而无需打开罐体就实现了对发酵罐内样品进行分类取样的目的，且有效避免了发酵区内的污染。