本实用新型公开了一种智能胃肠镜系统，包括诊室，诊室内分别设有：胃肠镜检查床：供胃肠镜检查对象躺下，便于医生检查；胃肠镜主机：位于近胃肠镜检查床端部的位置，用以设置胃肠镜本体；活体取样和/或样本封装机构，设在胃肠镜检查床的另一侧，在检测过程观察发现的可疑病灶时，以便医生能快速获取组织标本和/或将获取的组织标本自动封装。本实用新型公开的一种智能胃肠镜系统，在胃肠镜检查过程中活检取样、样本封装过程仅依靠医生本人就能实现，不需要过多的护士进行协助配合，从而达到自动化程度高、治疗及检查效率高、人员配置少。