本实用新型公开了一种水下网箱巡检系统，包括水下机器人、水下感知单元，水上巡检控制单元、通讯单元、供电单元和远程控制中心；水下机器人与水上巡检控制单元连接，水下感知单元搭载在水下机器人上，且连接在水下机器人的电路单元上，通讯单元分别与与水上巡检控制单元和远程控制中心连接，供电单元与水上巡检控制单元连接；远程控制中心基于内置的深度学习和处理模型，用于分析、处理和存储水上巡检控制单元发来的数据，判断网箱状态、网箱环境以及网箱内养殖鱼群的状态，根据判断结果向水上巡检控制单元发出相应控制指令。其能够及时发现并处理网衣破损、附着物增生、鱼群病害等问题，降低养殖风险，提供客观可追溯数据。