本实用新型公开一种低干扰深水层水样采集装置，包括抽气充气两用泵和水下采样机构；所述水下采样机构包括采样箱、采样瓶、缓冲筒、进水管和出气管，所述进水管进水端设置在所述采样箱箱底的下方，所述进水管出水端设置在所述采样瓶内且邻近所述采样瓶平底，所述采样瓶出气端与所述缓冲筒进气端流体导通连接，所述缓冲筒出气端通过所述出气管与所述抽气充气两用泵进气端流体导通连接；设置在所述采样箱内且位于所述采样瓶外的所述进水管上设有电磁截止阀，所述电磁截止阀与控制盒电连接，所述控制盒设置在所述采样箱内。本实用新型利用多种材质的采样瓶对同一深度的废水进行采样，减少单一材质采样瓶制作材料内析出物质对水样检测结果的干扰。