本实用新型公开一种酸马奶微生物基因组脉冲场电泳装置，包括电泳槽和脉冲场电源，所述电泳槽内部的中间位置处设有凸台，且凸台上设有琼脂糖电泳胶，所述电泳槽内部的两侧均设有电泳电极，且两组所述电泳电极分别为正、负极，所述脉冲场电源的一侧设有电源电极，且电源电极分别为正、负极，所述电源电极的正、负极和电泳电极的正、负极分别通过导线对应连接，所述脉冲场电源上方设有交互显示屏，所述电泳槽上方设有槽盖；本实用新型在电泳槽和脉冲场电源外均设置温控槽，通过循环泵使冷却液盒内的冷却液在温控槽循环，有利于维持电泳槽内温度的恒定，也方便对脉冲场电源降温，保证实验的正常进行。