本发明公开了一种间充质干细胞因子冻干用保护剂，包括以下重量份的原料：改性谷朊粉1‑5份、十四酸乙酯1‑5份、磷酸氢钙0.5‑1份、呋喃酮0.3‑0.5份、茶多酚0.1‑0.5份；所述改性谷朊粉的制备过程如下：(1)向纯化水中加入谷朊粉，调节pH至7‑7.5后加入谷氨酰胺转氨酶，在45‑50℃水解1‑2h；(2)取步骤(1)的水解液灭菌后加入发酵菌剂进行发酵，将发酵液离心后冻干即得改性谷朊粉。本发明提供的保护剂，通过改性谷朊粉、十四酸乙酯、磷酸氢钙、茶多酚和呋喃酮的协同作用，有效保护细胞因子的活性，提高细胞因子产品长期保存的稳定性。本发明还提供了上述保护剂的应用，将其用于脂肪间充质干细胞因子的冻干过程中，显著提高了冻干粉中细胞因子的活性以及长期保存的稳定性。