本发明公开了一种设施农业水培蔬菜智慧收割辅助系统及其方法，包括定植板输送装置，定植板输送装置的输出端横向放置有根系输送带，根系输送带的输出端下方放置一个根系收集箱，根系输送带的架体上安装一个切割刀组件；根系输送带的架体上朝向定植板输送装置的一侧安装有多个并列设置的定植板定位装置，根系输送带的外侧并列放置有定植篮输送带和海绵输送带，定植篮输送带的架体上安装有定植篮分离装置，海绵输送带的架体上安装有多个海绵分离装置；定植篮分离装置和海绵分离装置的上方架设有夹持移动装置。本发明能够对定植篮、海绵和根系进行三者独立分离，并且对其单独进行收集，收集后的定植篮可以重复利用，有利于降低成本。